Diogenes z Apolonii przyjął pogląd Anaksymenesa, że początkiem i zasadą wszechrzeczy jest powietrze, uwydatniając szczególnie analogię powietrza do duszy. Powietrze jest duszą żyjącą i poznającą. Wszechświat jest samotworzącym się żywym organizmem, a swoją zmienność wyprowadza z własnej żywotności. "Ludzie oraz inne istoty żywe żyją dzięki wdychaniu powietrza; ono jest dla nich duszą i rozumem (psyche esti kai noesis) [...] U wszystkich istot żywych dusza jest ta sama, mianowicie powietrze, które wprawdzie jest cieplejsze od zewnętrznego, w którym przebywamy, jednakże o wiele zimniejsze od słonecznego [...] Wydaje mi się, że to, co jest obdarzone rozumem, jest tym, co ludzie nazywają, powietrzem, i że wszystko jest przez nie rządzone, i że posiada ono władzę nad wszystkim (kai kybernasthai kai kratein). I to właśnie, jak mi się zdaje, jest bogiem; dociera wszędzie, rozporządza wszystkim, znajduje się w każdej rzeczy." (Diels, 64 B 4-5)

Musiało zatem istnieć ścisłe pokrewieństwo między boskim, powszechnym rozumem i naszym. Według Teofrasta wniosek taki słusznie wysnuł Diogenes, który mówił, że "powietrze w nas jest małą cząstką boga". Powietrze jest bogiem najwyższym (aethera esse summum deum) - jak streszcza myśl Anaksymenesa Laktancjusz - powołując się przy tym na Wergiliusza, który napisał w Georgikach:

Ojciec wszechmocny, Eter, deszczem rodnym smaga
Łono żony w rozkoszy, łącząc się z jej ciałem,
Wszystkim istnieniom życie rozdaje wspaniałe.

W jońskiej filozofii przyrody materia, siła, dusza, ciało, bóg, natura - to woda, powietrze czy inny element materialny w różnych postaciach.