Opinia o niejasności jego stylu i niezrozumiałym sposobie wypowiadania myśli utrzymywała się przez całą starożytność. Miał on bowiem rzeczywiście szczególne upodobanie do paradoksów i oderwanych aforyzmów, podawanych w metaforycznej i symbolicznej szacie językowej. To zamiłowanie do paradoksów i zagadek przeszło później na jego uczniów i zwolenników (hetairoi). A szkoła Heraklita istniała jeszcze długo po śmierci swego założyciela. Platon stwierdza, że na początku IV w. p.n.e. cieszyła się dużym uznaniem w Jonii, a szczególnie w Efezie. Ale z drugiej strony nie słychać nic o żadnym wybitniejszym uczniu, który by reprezentował czy rozwijał system Heraklita.

Na jego niejasny styl zwrócił również uwagę Arystoteles, pisząc w Retoryce: "Jest generalną zasadą, ażeby utwór pisany był łatwy do czytania (euanagnoston) i łatwy do wygłaszania (eufraston). Nie będzie to możliwe, jeżeli znajdzie się w nim wile wyrazów łączących albo gdy interpunkcja będzie nastręczać trudności, tak jak w pismach Heraklita. Ustalić interpunkcję w dziele Heraklita, to nie lada zadanie, gdyż często nie wiemy, czy poszczególne słowo należy do tego, co je poprzedza, czy do tego, co po nim następuje, tak np. jak na początku jego dzieła >>Bo chociaż wszystko się dzieje według tego logosu zawsze ludzie tego nie pojmują<<. Nie jest wszak jasne do czego >>zawsze<< powinno być punktacją przydzielone."

W późniejszej starożytności niejasność stylu Heraklita stała się przysłowiowa, tak że Tymon z Fliuntu nazwał go "mówiącym zagadkami", a "ciemnym" czy "mrocznym" (skoteinos) nazwał go Strabon z Amazei. Wcześniej już Arystoteles użył tego epitetu, a wreszcie Cyceron w traktacie O najwyższym dobru i złu, podnosi ten sam zarzut niezrozumiałości: "[...] jak np. Heraklit, któremu dano przydomek skoteinos, czyli >>ciemnego<<, gdyż zbyt niezrozumiale mówił o naturze." Dla Lukrecjusza był Heraklit clavus obobscuram linguam, czyli "sławnym z powodu niezrozumiałego języka", a Plotyn użala się, że Heraklit "stworzył pole do domysłów, nie troszcząc się o wyjaśnienie swej myśli, może dlatego, że - jego zdaniem - powinniśmy poszukiwać sami tego, co on sam, poszukując, znalazł". Ale można również spotkać opinie biegunowo przeciwne. Np. Diogenes Laertios twierdzi, że Heraklit "czasem wypowiadał swe myśli w sposób tak jasny i zrozumiały, że nawet najbardziej ograniczony umysł mógł łatwo je zrozumieć i czerpać z nich. Zwięzłość i powaga jego wykładu są niezrównane". Opinię tę powtórzy Nietzsche: "Zaiste żaden człowiek nie pisał jaśniej i wyraźniej." Sokrates zapytany przez Eurypidesa, co sądzi o dziele Heraklita, odparł: "To, co zrozumiałem, jest znakomite, a sądzę, że jest takie również i to, czego nie zrozumiałem; lecz do zgłębienia tego potrzebny by był nurek delijski."

Kazimierz Leśniak